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| Des actions spécifiques en faveur de la préservation des habitats et des espèces naturels sont engagées et réalisées par les chasseurs, au titre du programme Natura 2000. |
| Ces contrats consistent en la réhabilitation de milieux typiques en cours de dégradation. Le but est de restaurer leur aspect originel et de maintenir une faune et une flore qui caractérisent ces milieux. À ce jour, les chasseurs concourent activement à ce programme avec trois contrats. Sur le site de la Petite Montagne, le plus important de Franche-Comté avec ses plus de 38000 ha, l'objectif est de conserver les espaces ouverts et les pelouses sèches. Un grand nombre de pelouses couvrent cette région. Il s'agit de milieux biologiquement très riches qui présentent un grand intérêt. La société de chasse locale (ACCA) a commencé des travaux de défrichement et de réhabilitation des haies et des bosquets. À Chassal l'ACCA effectue des travaux de broyage et de fauchage pour ouvrir les paysages et préserver les pelouses sèches. À Meussia-Coyron la zone concernée a été déboisée et débroussaillée. Sur ce site, l'objectif est de préserver une biodiversité unique en Europe et de gérer la population de cerfs élaphes implantée depuis 1990 à Charchilla, Maisod et Meussia. Pour ce suivi, des comptages nocturnes sont effectués régulièrement. Citons enfin le Plateau de Sapey qui comprend une pelouse sèche remarquable avec ses 400ha d'un seul tenant. Le Jura, un département particulièrement concerné. De par sa biodiversité exceptionnelle, le département du Jura est particulièrement concerné par le programme européen Natura 2000 puisque trente-neuf sites sont répertoriés, qui couvrent 20 % de son territoire. Ces contrats sont aidés financièrement par l'Union Européenne et le ministère de l'Écologie et du Développement durable. La Petite Montagne est un secteur particulièrement intéressant sur les plans écologique et biologique par l'agencement des différents types de milieux qui composent le terroir.
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